Estas líneas se ramifican en más de 50 proyectos de investigación, desarrollo o innovación y responden a las prioridades del sector agropecuario, cuyos resultados, ya sean productos, tecnologías integrales, servicios científico-técnicos o académicos de alto valor agregado, impactan positivamente en las cadenas productivas de este sector, el incremento de los rendimientos, la calidad, la sustitución de importaciones y las exportaciones. Varios de ellos se pronuncian con proyectos internacionales, lo que permite asegurar financiamiento para la ejecución de investigaciones, la formación postgraduada y publicaciones de impacto, entre otros.
Se desarrolla un Congreso Científico Internacional bianual, desde 1975 que constituye el mayor evento de las ciencias agrícolas en Cuba, que reúne a productores y profesionales de otras universidades y centros del MES, MINAG y CITMA, entre otros, y de casi una veintena de países de América, Europa, Asia y África. Desde su creación hasta la actualidad, el INCA, fomenta el intercambio de experiencias, mantiene relaciones de colaboración con diversas instituciones de investigación agrícola y universidades de Europa, Asia y América. Protagoniza la producción y aplicación de bioproductos de importancia económica y su manejo e integración con las prácticas culturales para diferentes sistemas de producción agrícola entre los que se encuentran el EcoMic, Azofert, QuitoMax y PectiMorf.